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目前，全世界有三部具有国际权威性、代表性的饮用水水质标准，分别为世界卫生组织(WHO)的《饮用水水质准则》、美国环保局(US EPA)的《美国饮用水水质标准》以及欧盟(EC)的《饮用水水质指令》，其他国家或地区的饮用水标准基本上以这三部标准为基础或重要参考来制订。WHO的《饮用水水质准则》是包括中国在内的多数国家在制订水质标准时为蓝本来制定水质安全标准和法规。至今，微生物方面共评估了19种致病菌，7种病毒，11种致病原虫(寄生虫)，也对有毒蓝藻和蓝藻毒素进行了关注，同时对8类微生物安全质量的指示生物的应用进行了阐述。
现行的美国《国家饮用水水质标准》颁布于2006年该标准对微生物产生的人体健康风险高度关注，强制执行的一级饮用水微生物指标为8项。其中，贾第鞭毛虫、隐孢子虫、军团菌和病毒等指标在其他国家水质标准中并不常见，可见美国对致病微生物的研究非常深入和细致:同时， 该标准将浊度列入微生物学指标中(95%水样达到0.3 NTU)，反映了浑浊度在水质安全中的重要性。2006年我国颁布的《生活饮用水卫生标准》(GB 5749-2006)共列出6 项微生物指标微生物项目规定细菌总数由原来的(
CFU/100 mL)，而总大肠菌群由(
虽然各国微生物指标浓度限值之间和指标数量存在着一定的差异， 但是“两虫”的却很相似。由于“两虫”的个体非常微小，-般方法很难将其捕获去除，同时“两虫”具有极强的抗氯性:“两虫”病的传播剂量很小，贾第鞭毛虫致病剂量为10-100个活孢囊，而隐孢子虫致病剂量仅为1-10个活卵囊，可见隐孢子虫- -个足以致病。我国的标准中也强制规定饮用水中贾第鞭毛虫孢囊和隐孢子虫卵囊限值分别为
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