鉴于贾第鞭毛虫和隐孢子虫它们的孢囊或卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。美国自来水协会对美国1976—1994年间水媒性流行病作了调查，从数据显示：饮用水中由病原微生物引起的流行疾病，其暴发率只占24.5%，但致病率却高达82.5%。其他一些国家也有类似的因供水而引起的病原微生物暴发。基于贾第鞭毛虫致病剂量为10－100个活性孢囊，致病剂量较低，隐孢子虫致病剂量为1－10个活性卵囊。因“两虫”的孢囊和卵囊对人的最小感染剂量非常接近的，假定人饮水量为2.5L/天，以10L水样为一个采样单位，其中“两虫”的孢囊和卵囊的数量小于1个即是安全的。在1998年，英国是一个对饮用水中“两虫”提出量化标准的国家。随着我国经济的发展和水源污染的加剧，以及生活方式的改变，发达国家遇到的问题很可能也出现在我国，所以应引以为戒、未雨绸缪，为了保障饮用水安全，实施优质供水，国家卫生部上述标准和国家住房和城乡建设部的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）都把这“两虫”作为微生物指标来考核，限值均是在10升水中不得检出1个孢囊或卵囊。

贾第鞭毛虫和隐孢子虫二虫是两种严重危害水质安全的、寄生于人和动物体内的原生寄生虫，主要通过饮用水和食品等途径传播疾病。由于它们的孢囊和卵囊的表面包裹着一层较厚的囊壁，因此具有非常强的环境抗性，因为“两虫”的孢囊直径大小只有几个微米，不易为常规的沉淀、过滤等处理方法去除，而且孢囊和卵囊对消毒剂的抵抗力远大于大肠杆菌和脊髓灰质炎病毒，对常规指示菌安全的饮水不能排除原虫感染的可能性。它们可引起人的消化道感染，症状与腹泻相似。据相关报道，自1976年以来，世界各地相继发生了“两虫”的流行，如1993年美国威斯康星州某市“两虫”污染事件导致了约40万人受到感染，而在我国大部分地区也多次发现“两虫”病例。

“两虫”检测系统大致分为以下五个步骤，分别是：过滤采样→ 淘洗浓缩→ IMS 磁分离→ IFA 染色 → 显微镜检，其中过滤采样仅仅是“两虫”检测环节中的一个非核心步骤，实验方法中所提到的过滤器的型号并不能断章取义地代表两虫检测的采样方法实质，更不能以偏概全地代表两虫检测全过程的检测方法；过滤采样器只是收集样品的工具，而并非两虫检测的关键技术，并且随着两虫采样技术的进步，只要使用的两虫采样器达到样本采集的目的即可；如果仅仅用一个过滤采样器的型号来自称是国标甚至国际标准的实验方法，就会混淆了两虫检测方法以及国家标准的本来实质。

“两虫”检测系统，采用的是一次性滤囊的过滤采样方法，且性能指标不仅满足而且优于国标（国标要求滤囊的孔径为 1μm，我们的孔径为0.45μm，更小的孔径，更能保证两虫的 100%完全截留）。